Stjórn félagsins hefur „Leiðbeiningar um stjórnarhætti fyrirtækja“ til hliðsjónar í störfum sínum og uppfyllir þær í öllum meginatriðum þrátt fyrir að félaginu beri ekki að fylgja leiðbeiningunum lögum samkvæmt.
Helsta frávik er að ekki er starfandi tilnefningarnefnd hjá félaginu þar sem tilnefningar í stjórn félagsins er hjá Fjármála- og efnahagsráðherra sem fer með hlut ríkisins í félaginu. Undirnefndir stjórnar eru endurskoðunarnefnd og starfskjaranefnd. Starfssvið endurskoðunar og starfskjaranefndar nær einnig til dótturfélaga Isavia ohf.
Stefna hefur verið sett um samfélagslega ábyrgð.